Im Jahre 1774 wird von Bewohnern des Oberdorfs eine kleine Kapelle errichtet, die nach der heiligen Apollonia, der Patronin der Zahnärzte, benannt wird.
Moritz Braun, Pfarrer in St. Severin, war bereits im Jahre 1923 bestrebt, eine zweite Pfarre in Eilendorf zu gründen, doch der Antrag an den Kirchenvorstand von St. Severin, im Oberdorf einen Kirchbauverein zu gründen, wurde von diesem im Jahre 1926 abgelehnt.
Während der Bauzeit des Kindergartens St. Apollonia in den Jahren 1950 bis 1954 wurde beschlossen, diesen gleichzeitig als Notkirche für das Oberdorf zu nutzen.
Am 9. Febr. 1954, dem Namenstag der Pfarrpatronin, wurde hier der erste Gottesdienst gefeiert.
Erster Kaplan in St. Apollonia wurde Wilhelm Heiliger, der 1955 von Kaplan Paul Zincken abgelöst wurde.
Im gleichen Jahr konnte, durch die tatkräftige Unterstützung des im Vorjahr gegründeten Kirchbauvereins, eine Glocke angeschafft werden.
Durch engagierten Einsatz von Pfarrer Werner Offermann und Kaplan Paul Zincken in Zusammenarbeit mit den Eilendorfer Vereinen gelang es, den finanziellen Grundstock für den Bau einer neuen Kirche zu legen.
Im Jahre 1959 konnten Dechant Brock und Kaplan Zincken den Grundstein segnen.
Im März 1961 wurde das neu erbaute Gotteshaus von Bischof Dr. Johannes Pohlschneider feierlich konsekriert, die Vikarie St. Apollonia innerhalb der Pfarre St. Severin errichtet und Kaplan Paul Zincken zum Vikar ernannt.
Nachdem dieser Ende 1965 zum Pfarrer von St. Nikolaus in Osterath berufen wurde, trat Kaplan Werner Werker Anfang 1966 seinen Dienst in St. Apollonia an.
Am 1. März 1969 wurde die Vikarie zur Pfarre St. Apollonia erhoben, und Vikar Werner Werker zum Pfarrer ernannt.
Dieser legte neben seiner seelsorgerischen Tätigkeit großen Wert auf die Unterstützung des Kirchbauvereins.
Daher konnte in der Zeit seines Wirkens viele sakrale Elemente in und um die neue Kirche angeschafft werden. Neben der Bronzeplastik der hl. Apollonia über dem Eingang, auch der Tabernakel und die Orgel.
Außerdem haben wir es seinen Aktivitäten zu verdanken, dass im Schatten der Kirche ein räumlich großzügiges Pfarrheim gebaut werden konnte, in dem sich heute die gemeindeeigenen Gruppen wie Frauengemeinschaft, Kirchenchor und Messdiener versammeln.
Nachdem Pfarrer Werner Werker 1996 in den Ruhestand ging, wurde Alfred Breuer 1997 Pastor an St. Apollonia.
Im Zeitraum von Februar 2003 bis September 2003, erlebten wir eine priesterliche Vakanz.
Ab Oktober 2003 übernahm Pastor Peter Pütz von St. Severin und anschließend, ab März 2008, Pastor Gregor Huben, die Leitung unserer Gemeinde.
Das Wohnumfeld von St. Apollonia ist heute überwiegend mittelständisch geprägt.
Durch große Neubaugebiete, die in den vergangenen Jahren entstanden sind, ist die Zahl der Gemeindemitglieder erheblich gestiegen.
Durch den Zuzug vieler junger Familien in unseren Lebensraum, ergeben sich neue Gruppen und Aktivitäten rund um Kirche und Pfarrheim.
Bischof Mussinghoff kündigte am 6. März 2008 die Fusion der Pfarren St. Apollonia, St. Barbara und St. Severin an, die am 1.1.2010 vollzogen wurde.
Ab Juni 2017 übernahm Pastor Alexius Puls die Leitung unserer Gemeinde.